A área que hoje constituem a freguesia de Coutos de Viseu apresenta vestígios de povoamento muito antigos, com presença humana desde épocas pré-históricas, como comprovam os monumentos megalíticos que se encontram no seu território — em especial as Antas do Repilau e da Lameira do Fojo — descobertas que atestam a importância desta região desde há milhares de anos. 

No passado mais recente, o território esteve organizado em duas freguesias distintas: Couto de Cima e Couto de Baixo. Estas freguesias integravam, em conjunto, os antigos coutos de Santa Eulália, expressão de uma organização territorial tradicional, ligada ao sistema de coutos que marcou a administração local em épocas medievais e modernas.

Ao longo dos séculos XIX e XX, as povoações que compunham estes coutos — como São Cosmado, Portela, Masgalos, Lobagueira, Carvalhais, Goduxo e outras — foram crescendo de forma dispersa, mantendo a forte ligação à agricultura, à vida rural e a tradições comunitárias que sobreviveram até hoje.

Em 28 de janeiro de 2013, no âmbito da reorganização administrativa do território das freguesias promovida pelo Estado português, as antigas freguesias de Couto de Cima e de Couto de Baixo foram agregadas, dando origem à nova freguesia denominada União das Freguesias de Couto de Baixo e Couto de Cima.

Posteriormente, por força da Lei n.º 47/2015, de 5 de junho de 2015, a designação oficial foi alterada para Freguesia de Coutos de Viseu, como é conhecida atualmente.

Hoje, Coutos de Viseu preserva a sua identidade histórica e cultural, integrando património arqueológico, edificado e natural, resultado de séculos de ocupação humana e de desenvolvimento rural e comunitário.